Exposição permanente
O Museu apresenta um circuito de visita com duas partes distintas mas complementares, o percurso monumental e a exposição permanente.
O percurso monumental mostra os espaços do antigo Convento de Jesus que sobreviveram até aos nossos dias. São, na sua maior parte, espaços sagrados, uma vez que as áreas privadas desapareceram, devido às obras sucessivas de adaptação do edifício a colégio e museu. Desapareceram as celas, a enfermaria, a botica, as oficinas e os celeiros. Sobrevivem alguns vestígios das cozinhas na área da actual cafetaria.
Do Convento podem ver-se, no piso térreo, o Coro baixo, com o Túmulo da Princesa Santa Joana, a Igreja de Jesus, com ligação pela Capela de Santo Agostinho e o Claustro, com as suas capelas, Sala do Capítulo e Refeitório.
No piso superior, o Claustro dá acesso ao Coro alto e às capelas devocionais que lhe são contíguas.
A exposição permanente apresenta colecções de arte sacra essencialmente provenientes do Convento de Jesus mas também de outros conventos de Aveiro, Coimbra e Lisboa.
O núcleo inicial da exposição é dedicado ao culto e à iconografia da Princesa Santa Joana, iniciando-se com as imagens e as relíquias que saem anualmente em procissão no dia 12 de Maio, aniversário da sua morte.
Desta sala em diante, as colecções, de pintura, escultura e mobiliário são apresentadas por ordem cronológica, desde o século XV até ao século XIX, seguindo os grandes períodos convencionados pelos estudos de História da Arte.
O percurso expositivo integra ainda duas capelas conventuais, a capela memorial da Princesa Santa Joana, conhecida por Sala de Lavor e a Capela do Senhor dos Passos
As colecções de livros e documentos, de têxteis e de ourivesaria são apresentadas em salas temáticas. O acervo da Capela de São Domingos e dos Santos da Ordem, outrora edificada no pátio conventual, é apresentado também em sala temática.